A linha de pesquisa de “Ecologia Evolutiva” aborda estudos ecológicos com ênfase em plantas e biomas brasileiros no nível de comunidades e ecossistemas. Esta linha desenvolve estudos sobre a avaliação da diversidade funcional e filogenética de comunidades, com o objetivo de entender os fatores que estruturam as comunidades vegetais em diversos biomas brasileiros. As linhas incluem estudos sobre a restauração de comunidades naturais e o efeito das mudanças climáticas globais na dinâmica de populações, comunidades naturais e processos ecossistêmicos. Dentre as metodologias inovadoras empregadas, destaca-se a descrição de padrões de diversidade genética/genômica através do sequenciamento em larga escala para estudos em ecologia molecular. Em última instância, as informações obtidas podem ser aplicadas para o desenvolvimento de políticas públicas e de mercado para promover a conservação e restauração da biodiversidade brasileira.