A linha de pesquisa de “Ecologia de Ecossistemas, Comunidades e Populações” aborda estudos ecológicos com ênfase em plantas e biomas brasileiros. No nível dos organismos e populações, objetiva estudar a ecologia de organismos e as interações entre organismos e seu ambiente, bem como a estrutura e a dinâmica de populações no tempo e no espaço. Os estudos são focados nas interações bióticas e abióticas e consideram como a competição, a polinização, a dispersão e as associações micorrízicas afetam o sucesso reprodutivo e a diversificação de novas linhagens. Estudos sobre a plasticidade e adaptações metabólicas que permitem a sobrevivência de plantas em condições de estresse, especialmente estresse hídrico e condições de baixa disponibilidade de nutrientes também estão contemplados aqui. Dentre as metodologias inovadoras empregadas, destaca-se a aplicação de isótopos estáveis para avaliar a diversidade de mecanismos de aquisição e uso de recursos em ambientes extremos. Estudos aplicados sobre o manejo e a dinâmica de populações sujeitas a diferentes tipos de distúrbio também são contemplados. Em última instância, as informações obtidas podem ser aplicadas para o desenvolvimento de políticas públicas e de mercado para promover a conservação e restauração da biodiversidade brasileira.